Emperor lấy bối cảnh một thời gian ngắn sau Dune 2000. Hoàng đế Corrino Frederick IV đã bị tì thiếp là Lệnh bà Elara, một Bene Gesserit sát hại, đẩy cả đế chế rơi vào hỗn loạn. Hiệp hội Không gian đã kêu gọi ba Gia tộc còn lại (giống như những phe trong các bản trước đó: Nhà Atreides, Nhà Harkonnen và Nhà Ordos) chấm dứt tình trạng này với một thách thức duy nhất: một cuộc chiến tranh sát thủ trên hành tinh Arrakis. Bất cứ Gia tộc nào thắng được cuộc chiến này sẽ trở thành nhà lãnh đạo mới của Landsraad và đoạt lấy ngôi vị Hoàng đế Padishah, Hoàng đế của Vũ trụ Hiện tại.

Cuối cùng, mọi việc ngày càng sáng tỏ trong chiến dịch rằng Tleilaxu đang tẩy rửa Arrakis bằng những động cơ ngầm, khi mọi người phát hiện các cuộc thăm dò khác nhau đang trong quá trình thu thập các mẫu thịt lấy từ những con sâu cát đã chết. Sau trận chiến cuối cùng với bất kỳ Gia tộc đối địch nào trên hành tinh quê hương của họ, Hiệp hội Không gian sẽ bỏ rơi Gia tộc chiến thắng bị mắc kẹt trên quê hương chiếm được của đối phương, Nhà Tleilaxu đang cố gắng kiểm soát Arrakis bằng cách dùng kỹ thuật di truyền để Lệnh bà Elara tạo ra một con Sâu Chúa với nguồn sức mạnh tâm linh to lớn. Họ còn tung ra một loại thuốc ảnh hưởng đến tâm trí tại tất cả các nguồn cung cấp lượng nước còn lại trên Arrakis hòng biến cư dân nơi đây trở thành nô lệ dưới quyền Hiệp hội. Rõ ràng đây là một nỗ lực lần chót phải được thực hiện trở lại trên Arrakis nhằm tiêu diệt con Sâu Chúa ngay trước khi nó kịp tỉnh giấc bằng cách sử dụng Hiệp hội Buôn lậu tìm đường quay trở lại Arrakis. Sau cùng người chơi mới tiêu diệt được con Sâu Chúa, và kế hoạch của Hiệp hội thất bại. Gia tộc chiến thắng sau đó lấy lại quyền kiểm soát Arrakis và nguồn hương dược melange và tuyên bố ngôi vị Hoàng đế Xứ Cát thuộc về mình.